En 1998 los dos países acordaron en un texto de un "Acuerdo Especial" que se necesitaba para someter la disputa al ICJ.
La audiencia frente a la ICJ fue sostenida durante tres semanas en noviembre del 2007 bajo el nombre de Soberanía sobre Pedra Branca/Pulau Batu Puteh, Middle Rocks y South Ledge (Malasia vs.
Middle Rocks y South Ledge debieron ser referidas como dependencias de Pedra Branca.
Malasia y Singapur entonces concordaron en poner la disputa frente a la Corte internacional de Justicia (ICJ).
[13] Singapur argumentó que en 1847 Pedra Branca era terra nullius (Latín para "tierra perteneciente a nadie") ya que nunca había sido sujeta a reclamo anterior o manifestación de soberanía por ninguna entidad soberana.
Un año después del tratado Anglo - Holandés, Abdul Rahman mandó una carta con fecha 25 de junio de 1825 a Hussein; en ella se establecía que "en completo acuerdo con el espíritu y contenido del tratado concluido entre sus Majestades, los reyes de Holanda y Gran Bretaña" él donaba a su hermano mayor "la parte del terreno asignado a Gran Bretaña".
La Corona Inglesa obtuvo el título sobre la isla en concordancia con los principios legales gobernando la adquisición del territorio en ese momento.
Este título fue mantenido por el Reino Unido y su sucesor legal, La República de Singapur.
Por otro lado, la designación no fue usada para Pulau Pisang, una isla bajo la soberanía de Malasia en donde Singapur operaba un Faro.
[46] Singapur tomó la posición en la que Pedra Branca, Middle Rocks y South Ledge deberían ser consideradas como un solo grupo de formaciones marítimas ya que Middle Rocks y South Ledge eran dependencias de Pedra Branca.
[48] Adicionalmente, Malasia no había mostrado ningún ejercicio de soberanía en las aguas aledañas.
Nada de lo que hubiera hecho el Reino Unido o Singapur habría quitado la soberanía sobre la isla.
La carta era un simple reconocimiento de que Abdul Rahman no reclamaba soberanía sobre Johor.
[56] El título del sultanato hacia la Isla también confirmaba lazos de lealtad existentes entre el Sultanato y los Orang Laut, un pueblo nómada del mar quienes en el pasado habían habitado las áreas marítimas del Estrecho de Singapur, llevando a cabo pesca y piratería, y visitando Pedra Branca frecuentemente.
Ya que el Sultanato de Johor se estableció en el siglo XVI, siempre tuvo gobernantes quienes fueron reconocidos como tales y que comandaban con la lealtad de las personas y por lo tanto controlaban los territorios donde vivían estas personas.
[63] Para 1844 la preferencia había sido expresada para la Isla Romania Outer Island, o Peak Rock.
[64] Sin embargo, Malasia argumento que las cartas del Sultán y Temenggung significaban no más que el permiso al Reino Unido de construir y operar un Faro de Luz en Peak Rock o alguna otra ubicación adecuada.
[73] Malasia contendía que Pedra Branca, Middle Rocks y South Ledge no eran una entidad individual identificable.
Middle Rocks y South Ledge fueron por lo tanto bajo la soberanía de Johor en el tiempo del tratado Anglo - Holandés y cayeron bajo la esfera de influencia Británica con el tratado.
Además sostuvo por 15 votos a uno, que la soberanía de Middle Rocks pertenece a Malasia y la soberanía sobre South Ledge pertenecía al estado cuya ubicación estuviera dentro de sus aguas territoriales.
Ya que Orang Laut hizo a las Islas del Estrecho de Singapur su hábitat, esto confirmaba el "antiguo título original" del Sultanato de Johor sobre esas Islas, incluyendo Pedra Branca.
[89][95][96] Contrario a lo presentado por Malasia, la Corte encontró que el Tratado Crawfurd no mostraba que Gran Bretaña reconocía la soberanía de Johor sobre todas las Islas alrededor del estrecho de Singapur.
[107] Los mapas publicados por Malasia entre 1962 y 1975 tendían a confirmar que consideraba Pedra Branca caer bajo la soberanía de Singapur.
En cualquier caso, los mapas eran declaraciones del hecho geográfico, particularmente desde que Malasia lo había producido y diseminado en contra de sus propios intereses.
[117] Sin embargo, en junio del 2008 Rais Yatim indicó que Malasia había renovado su búsqueda por la carta escrita por el Gobernador Butterworth al Sultán y Temenggung de Johor buscando permiso para construir el Faro Horsburgh en Pedra Branca.
Preocupaciones también se expresaron por Pulau Merambong cerca del límite Oeste de Malasia con Singapur.
Él dijo al Straits Times, "todo mundo tiene su opinión en tales asuntos pero yo, como ministro Foráneo debo acatar lo dictado por la ley.
Esto fue condenado por el ministro Foráneo de Malasia Rais Yatim como "en contra del espíritu Asiático y la estructura legal" ya que el clamo era "inaceptable e irrazonable y contradecía los principios de la ley internacional".
Ambos argumentos habían dejado claro que si los límites del mar territorial de Singapur o Zona Económica Exclusiva se traslapaban con los reclamos de países vecinos, Singapur entonces negociaría con esos países para llegar a delimitaciones acordadas con la ley internacional.
[132] En septiembre del 2008, el Comité Técnico Conjunto reportó que su Sub-Comité en los trabajos conjuntos de inspección había finalizado las preparaciones para una investigación hidrográfica que proveería información para discusiones futuras acerca de delimitaciones.