La capital del Generalbezirk Estland era Tallin (Reval).
[2] El Generalbezirk Estland tenía las siguientes siete subdivisiones llamadas Kreisgebiete (áreas del condado).
[2] La administración civil estaba dirigida por un Generalkommissar (Comisario General) designado directamente por Adolf Hitler, y que dependía del Reichskommissar de Ostland Hinrich Lohse, con sede en Riga.
Aproximadamente el 75% de los judíos estonios habían huido hacia el este, hacia la Unión Soviética antes de la ocupación nazi.
Prácticamente todos los que quedaron (entre 950 y 1.000 personas) fueron asesinados.