La temporada 2003-04 de División de Honor fue la 15.ª edición de la máxima competición de la Liga Nacional de Fútbol Sala española.
La liga empezó con 16 equipos y un sistema de liga basado en fase regular más fase final, en el que los ocho primeros disputarían el título de campeón y los dos últimos descendían a División de Plata.
El campeón fue Boomerang Interviú, que batió en la final a ElPozo Murcia Turística en cinco partidos.
Ascienden a División de Honor 2004/05: EDL Muebles Caloto (Lugo) Povet.com Benicarló FS (Benicarló).
Nota: Gervasport Boadilla se fusionó con Levitt Las Rozas para crear el UD Boadilla Las Rozas Sistema de puntuación: Victoria = 3 puntos; Empate (E) = 1 punto; Derrota = 0 puntos Al mejor de 5 partidos.