Sin embargo, debido a que los dos príncipes eran todavía menores en ese tiempo, el territorio fue en principio gobernado por el Elector Augusto de Sajonia.
Juan Ernesto pronto se retiró y volvió a su pabellón de caza en Marksuhl.
En 1590 formalmente renunció a toda su participación en el gobierno del ducado por cinco años.
Después del fin de este periodo, los dos hermanos acordaron dividir el Estado.
Cuando Juan Ernesto murió sin hijos también en 1638, la línea de Duques de Sajonia-Coburgo-Eisenach finalizó y el país fue dividido entre Sajonia-Weimar y Sajonia-Altenburgo, los otros Ducados Ernestinos existentes en ese tiempo.