La historia cuenta cómo el Emperador Shaddam IV, habiendo concedido una previa licencia a la Casa Harkonnen para su establecimiento y posterior explotación del planeta Arrakis, concede una segunda licencia a la Casa Atreides, con el mismo fin.
La segunda parte del nombre es el específico de la zona: Tabr, Timin, Tuek, Harg, Clam, Tysmyn, Siet, Pyons (pueblos) y Pyort.
Los sietchs situados cerca del Palacio Atreides ya han sido prospectados, pero los demás, no.
Si Paul acepta pagar lo demandado, el Emperador volverá a requerir especia en varios días.
Si Paul no paga toda la especia dos veces, o rehúsa pagar (tras un segundo mensaje del Emperador reclamándole), los Sardaukars, la guardia imperial, marcharán sobre Arrakis, asesinando a todos los Atreides, y finalizando el juego.
Si Gurney Halleck está en el mismo sietch que los Fremen cuando estos entrenan, su nivel de habilidad en combate subirá más rápido.
Dicho armamento puede encontrarse en sietchs, fortalezas Harkonnen o ser comprado a los contrabandistas en los pueblos.
Paul va a verlo, y Liet le habla del secreto mejor guardado de Arrakis: el agua.
También se han inventado los cazavientos, una estructura diseñada para atrapar la humedad del aire y llevarla hasta un depósito subterráneo.
Una vez equipados, dicha tropa comenzará a plantar siempre y cuando exista un cazavientos en el sietch (en caso contrario, habrá que construirlo primero).
Donde hay vegetación no se puede recoger especia, y este hecho, unido a que la vegetación crece hacia el norte, hace que si suficiente vegetación llega las fortalezas Harkonnen, éstas sean abandonadas y no habrá resistencia (aun así se debe mandar por lo menos una tropa militar para conquistar la fortaleza).
El duque Leto Atreides llama la atención a Paul sobre los trajes que visten los Fremen.
Paul consigue destiltrajes para el Palacio y sigue visitando sietchs, pero se da cuenta de que no puede extraer más especia mientras no prospecten la zona en busca de especia, tarea que sólo pueden hacer los prospectores.
Paul y Chani se enamoran, y en una visita al Palacio, todos descubren una estancia con vegetación; Chani lleva a Paul a ver a Liet Kynes, su padre, que pretende poner en marcha el milagro de la ecología en Arrakis, mediante bulbos que resistan las condiciones desérticas y agua rescatada del aire.
Mientras tanto, una extraña enfermedad afecta a algunas tropas Fremen, y Chani se ofrece para curarles.
Sin descuidar los envíos de especia del Emperador, conquista todas las fortalezas, y se prepara para el asalto final.
Cuando vencen al enemigo, descubren que el Emperador Shaddam IV está en el propio Palacio Harkonnen, y que su licencia para extraer especia era una artimañana urdida por este para matarlos de una u otra manera.