La 52.ª edición de la clásica ciclista E3 Prijs Vlaanderen fue una carrera en Bélgica que se celebró el 28 de marzo de 2009 sobre un recorrido de 203 kilómetros con inicio y final en la ciudad de Harelbeke.
La carrera formó parte del UCI Europe Tour 2008-2009 y fue ganada por el ciclista italiano Filippo Pozzato del Katusha.
Las clasificaciones finalizaron de la siguiente forma:[1]