Tras el Golpe de Casado en 1939, y ante la inminente llegada de las tropas franquistas, significados políticamente y en el punto de mira, los hermanos Benetó al completo se separan, pero no vuelven a encontrarse jamás.
Eduardo Benetó, tratando de llegar a Madrid para reunirse con células del PCE, es apresado en Valencia, y fusilado en el cementerio de Cuenca en 1941.
En el procedimiento sumarísimo, llevado a cabo por el Tribunal Especial para la Represión de la Masonería y el Comunismo, se le acusa de la responsabilidad del asesinato de 6 personas, profanación de templos de la Iglesia, asalto y robo por incautación de oro y muebles en varias villas de la burguesía, entre otros, por lo que es fusilado, pero extrajudicialmente, ya que a su mujer, la miliciana Josefa Bolinches, encarcelada 7 años por no desvelar su paradero, el Tribunal Nacional de Responsabilidades Políticas le informa en falso del indulto y liberación de su marido en 1943,[2] y oculta de por vida su fusilamiento, dejándolo 71 años en paradero desconocido para su único hijo, llegando a creer que un mendigo del pueblo se trataba de su padre, finalmente encontrado en 2012 en una fosa común junto a otros 120 cuerpos.
[5] Salvador Benetó, el único que consigue llegar a Francia antes del final de la Guerra Civil, es apresado por la Wehrmacht en la Francia de Vichy, al notificar las autoridades franquistas su paradero, remitente de las cartas que enviaba desde Toulouse a sus hermanos, y encerrado bajo el Decreto Nacht und Nebel en el Campo de concentración de Struthof-Natzweiler, del III Reich, del que solo salió para ingresar hasta sus últimos días en un pabellón psiquiátrico.
José Benetó, por su menor implicación por edad, elude la prisión y es controlado semanalmente por la Guardia Civil hasta su alcaldía en 1979.