Luján brilló como jugador de fútbol desde 1966 hasta 1971, período en el que afrontó 118 partidos y convirtió 13 goles.
En las inferiores del club platense, dirigidas entonces por Miguel Ignomiriello, integró la tercera que mata, subcampeona en 1964 y campeona en 1965.
Aunque Eduardo Luján se retiró como futbolista en el Avignon de Francia, siempre siguió ligado a Estudiantes.
El equipo campeón formó con Juan Carlos Bertero; Julián Camino, José Luis Brown, Rubén Agüero, Abel Herrera; Miguel Ángel Russo, José Daniel Ponce, Alejandro Sabella, Marcelo Trobbiani; Guillermo Trama y Sergio Esteban Gurrieri.
Años más tarde, Luján Manera condujo al seleccionado paraguayo en la Copa América de 1989.
En aquella competencia continental dirigiendo al seleccionado guaraní se adjudicó el primer lugar en la primera fase del grupo A, pero en la ronda final solo consiguió un empate, frente a Argentina, que los hizo finalizar en el cuarto lugar de la Copa.
Fue muy importante su llegada a Vélez Sarsfield en 1992 como director técnico en la incorporación de grandes jugadores que con el tiempo se convirtieron en grandes ídolos y figuras del club como José Luis Chilavert, Roberto Trotta, José Basualdo y Walter Pico, y la continuidad en primera de muchos juveniles como José Oscar Flores, Omar Asad, Christian Bassedas,Marcelo Gómez, y Mauricio Pellegrino entre otros; además de dejarle la base armada a Carlos Bianchi para que un año más tarde (1993) se transformara en campeón del fútbol argentino al ganar el Torneo Clausura 1993.
Con Vélez Sarsfield, obtuvo un subcampeonato en el torneo Clausura 1992, ganado por Newell's, y se alejó a mitad del Apertura 1992 tras una serie de 4 derrotas consecutivas.
Tiempo después, Luján Manera dijo en una entrevista que se arrepintió de esa pelea con Markarián.