Procedía de una familia muy adinerada, con numerosas posesiones y tierras, la cual siempre estuvo muy involucrada en conspiraciones separatistas.
Su hermana fue la poetisa Adelaida del Mármol Ballagas, quien murió muy joven, en 1857.
Los primos de Eduardo, los jóvenes Donato y Leonardo Mármol, se unieron inmediatamente al Ejército Libertador de Cuba.
Sin embargo, Eduardo Mármol se encontraba en su hacienda, en la región de Guantánamo, que todavía no se encontraba en guerra en aquel entonces, por lo que éste partió de inmediato hacia San Luis, donde se encontraban sus primos, para unirse a ellos en la rebelión.
Su primo, el Mayor general Donato Mármol, murió de enfermedad en plena guerra, en 1870.