En 1858 llegó a Valencia, en cuya universidad permanecería hasta solicitar la jubilación en 1888.
Los treinta años que dedicó a la enseñanza en la Universidad de Valencia le pusieron en contacto con un número elevado de discípulos que en ocasiones destacarían en la vida local o nacional.
La Revolución Setembrina en 1868 supuso una renovación, pues atrajo al poder universitario a los futuros institucionalistas y gentes afines a krausismo, como era el caso de Pérez Pujol, nombrado rector.
Si bien no pareció poseer una ideología definida, su talante humanista le reafirmaron en su creencia en el progreso, en la posibilidad de conciliar intereses económicos y sociales, que le hace defender en sus escritos las soluciones a su parecer más justas para la llamada «cuestión social», e incluso para la mejor forma de ejercer el sufragio y la representatividad política.
Sin embargo, los integrantes se apresuraron a desistir, viéndose obligados a aceptar el antedicho cargo por no admitir su dimisión ni la Junta ni muchas personas importantes de la población que tenían muy apreciable garantía de verse representados por tan presentables señores.
[cita requerida] El gobernador Ramón Castejón ordenó la entrada en prisión del rector Pérez Pujol, en las Torres de Serranos.
El pueblo reaccionó ante esta situación: los periódicos locales publicaron con urgencia una convocatoria abierta a todos los que quisieran sumarse con su apoyo a una reunión que tendría lugar en el Círculo de Valencia.
A los términos que expresa la carta se unieron los asistentes al círculo y de forma unánime se reconoció el justo proceder del rector valenciano y el aprecio en que lo tenía Valencia.
Para Peréz Pujol, la «fórmula del derecho» se reduce a esta expresión: «No hacer mal, hacer el bien prometido, he ahí las dos condiciones sociales y voluntarias del fin humano»; obligación que tiene al tiempo un límite jurídico.
[cita requerida] Cuando en sus Orígenes y progresos del derecho en España describe el derecho y sus fuentes a lo largo de la historia de España, resalta cómo ese derecho ha ido realizando el progreso humano sobre los cimientos del «libre albedrío» y de la «razón».
[cita requerida] En Pérez Pujol hay una mayor rectificación del idealismo; señala que la coacción no constituye la esencia del derecho, pero el elemento coercitivo puede ser usado por el Estado.
La nación puede ser representada por el Estado, pero no confundirse con el mismo; es un tipo de sociedad total, que abarca todos los organismos de la sociedad más o menos perfectos.
A sus ojos, la cuestión más grave es el alejamiento entre la sociedad y la vida pública.
En la imagen que Pérez Pujol traza del régimen electoral se encuentran los principios de una democracia orgánica.
[cita requerida] Admitiendo la cuestión social como prioritaria a la política, aconseja que se trate como política la cuestión obrera y se estimule un acercamiento de capitalistas y trabajadores.
En 1872, Pérez Pujol escribió La cuestión social en Valencia, donde observa desde su perspectiva particular los problemas y conflictos que afectaban a la clase obrera valenciana.
El potencial peligro que representan la Internacional o las huelgas puede controlarse poniendo remedio a los problemas.
De esta manera, un obrero instruido ayudaría más a resolver los problemas entre capital y trabajo.
Asimismo, Pérez Pujol propone la recuperación de los gremios como instrumento que supere los problemas laborales.
[cita requerida] Pérez Pujol profundizó en el conocimiento de las diferentes disciplinas que se le encomendaron en su carrera.
[3] Sus «Apuntes sobre la fuerza obligatoria del Fuero Real» nos acerca a un texto jurídico que todavía plantea problemas de vigencia.