La idea central del padre Flanagan se resume en esta frase, que él repetía constantemente: «No existe en realidad, un solo muchacho auténticamente malo» (There's no such thing as a really bad boy).
UU reconoció a la Ciudad de los Muchachos como una entidad municipal con todos los pronunciamientos jurídicos.
Entonces, y previa una campaña electoral en toda regla, se nombraron los correspondientes cargos en régimen democrático.
Después de la II Guerra mundial, el padre Flanagan fue llamado a diferentes países para estudiar y organizar la redención social de los niños y jóvenes afectados por la contienda.
Realizó importantes trabajos en Japón y Filipinas, adonde fue llamado por el general Douglas MacArthur.
Su obra ha sido continuada por el P. Nicholas H. Wegner, amigo y colaborador del padre Flanagan durante 25 años.