Para el torneo de repechaje, Pavón convocó a los experimentados Amado Guevara, Danilo Turcios, Noel valladares y Mario Iván Guerrero.
Pero estos le dieron la espalda y se sublevaron en contra del técnico por problemas de orden salarial que mantenían con la FENAFUTH.
Aunque sólo México y Costa Rica clasificaron a las Olimpiadas, se hizo una definición por el tercer lugar, ganada por Honduras.
Con este último equipo logró clasificarse para instancias semifinales en el torneo Apertura 2006.
Aunque el maestro estaba con muchas ganas de irse, el contrato que tenía con el equipo Hispano Fútbol Club de Comayagua le impidió moverse a tierras cuscatlecas.
Antes, en 2004, había dirigido internacionalmente al Xelajú Mario Camposeco de Guatemala.
Para el torneo Clausura 2007/08 Edwin Pavón dirigió al Atlético Olanchano de Honduras.