En 1824 fue elegido diputado por Córdoba al Congreso General que se reunió en Buenos Aires.
La legislatura que lo había elegido le revocó el mandato, porque no había cumplido con las instrucciones expresas con las que había sido enviado; pero el Congreso decidió que los mandatos de los diputados sólo podían ser revocados por el mismo Congreso, y autorizó a Bedoya a continuar su mandato.
Caídos el Congreso y la presidencia de Rivadavia, no juzgó prudente volver a Córdoba por el momento.
Permaneció en Córdoba, dedicado al periodismo, aunque sus relaciones con las autoridades no eran buenas: organizó una conspiración contra Paz, a las que intentó inútilmente unir a los coroneles Lamadrid y Pedernera.
Estaba en la misma casa que Lavalle cuando éste fue muerto, y acompañó sus restos a Bolivia.