En 1958 decidió dejar el mundo del fútbol prematuramente, con solo 23 años y se marchó de su Guipúzcoa natal a Madrid para dedicarse profesionalmente al cine, su gran pasión.
En 1961 funda su primera compañía, Laponia Films, y apenas tres años más tarde, en 1964 crea Elías Querejeta P.C., compañía mediante la cual produjo más de cincuenta películas, de las que una buena parte contribuyeron a la renovación de los temas y las formas del cine español del tardofranquismo y la transición.
Pero sin duda, su más importante contribución al cine radica en las producciones que hizo para filmes de Carlos Saura, Víctor Erice, Manuel Gutiérrez Aragón o Julio Medem.
Con respecto al primero, creó, junto con el director aragonés, un cine que analizaba con rigor intelectual la sociedad española del franquismo, todavía no recuperada de las heridas producidas por una situación social y moral represora.
[1] Ana y los lobos (1972), La prima Angélica (1973) y Cría cuervos (1975), estas dos últimas galardonadas con el Premio del Jurado en el Festival de Cannes, podrían considerarse una disección de la familia en la España del tardofranquismo.
Elías, eso sí, siempre llevó su relación de forma discreta, aunque sin ocultarse.