Aunque existen vestigios de presencia humana al menos desde la Edad de Bronce, su origen como poblamiento continuado se encuentra a finales de la Edad Media y la dominación musulmana, cuando las tropas de los Reyes Católicos reconquistaron la región entre 1488 y 1489.
Los moros de El Margen siguieron practicando su religión hasta que, en 1500, fueron puestos en la difícil disyuntiva de convertirse o abandonar sus tierras.
La mayoría se quedó y pasaron a ser denominados 'moriscos'.
Tras la Rebelión de las Alpujarras en 1569, los nuevos cristianos fueron expulsados y sus tierras incautadas y distribuidas entre los repobladores venidos del resto de la península.
El Margen celebra cada año sus fiestas el 2 y el 3 de febrero en honor a San Blas, patrón del pueblo y a la Candelaria.