La palabra peñón proviene del término peña y significa "monte peñascoso".
También, peñon-peñol representa la "punta de una vara larga y delgada".
También se refiere a un "madero redondo de gran diámetro y longitud".
El nombre se asocia al relieve montañoso por el que se caracteriza el área municipal donde sobresalen algunos altos y cuchillas, accidentes orográficos característicos de la cordillera Oriental de los Andes colombianos.
[2] El territorio de El Peñón ha estado anexado a La Palma y Yacopí en diferentes periodos; el municipio de Topaipí perteneció a El Peñón hasta mediados del siglo XX.