Nueva York se ha modificado hasta el punto de dejarla irreconocible y muy pequeña ya que la mayoría de la historia se desarrolla en las otras dos localizaciones, Florida y Cuba, contando estas dos con un terreno más extenso.
Esta vez las misiones son lineales y no tan fieles a la película como en el primer juego.
Los miembros de la familia mafiosa no son como los de la versión Don Corleone sino que cada uno tiene una habilidad especial tales como hacer explotar coches, quemar edificios, derribar puertas o robar cajas fuertes.
La jugabilidad y sus mecánicas son asemejantes al subgénero de los clones de GTA, ya que el jugador puede viajar libremente por el mundo del juego, controlar vehículos, aunque hagan lo que quieran en términos de atacar y/o matar a civiles inocentes, y avancen en la historia a su propio ritmo, pasando todo el tiempo que deseen atravesando la ciudad.
Si la retícula se vuelve roja, el jugador ha encontrado un punto débil.
Una vez que el jugador apuntó a un NPC, ya sea hostil o no hostil, puede usar el stick analógico derecho o botones de los hombros para entrar en combate cuerpo a cuerpo.
[3] Las armas no han cambiado mucho aunque lógicamente tienen un diseño más típico de los años 60, la diferencia más notable es que las mejoras de arma no se compran, sino que se van encontrando.
Esto no es fiel a la película ya que en ella, cuando ocurre el año nuevo, Roth está ingresado en un hospital.
Tras esto, Michael, Fredo y Dominic logran escapar en avión hacia Nueva York.
Cuando la familia de Carmine es eliminada se desbloquea Florida, la ciudad más grande.
Este dará consejos al jugador a la hora de tomar negocios enemigos o contratar guardias para los locales y así no perder dinero.
Pero alguien dispara contra él y Fredo cree que han sido los Mangano.
Michael discute con él y le dice que no quiere volver a verle.
Este convencería a Frankie de que violar la omertá, se paga con la muerte.
Frank, al ver a su hermano, cambia la declaración y no testifica contra Michael.
Este le dirá que se ha ganado su respeto y el título de padrino.
Hay expansiones disponibles para las distintas versiones, son de pago y se pueden descargar desde el menú del videojuego.
También existe un personaje llamado Tommy Cipolla que solo se puede conseguir PC reservando el juego por internet.
En el videojuego ni siquiera se menciona la traición de Fredo, y acaba siendo asesinado por otra razón.