Esta elección se desarrolló el día domingo 7 de marzo de 1999, dando como ganadores a la fórmula presidencial compuesta por los candidatos Francisco Flores (como presidente) y a Carlos Quintanilla Schmidt (como vicepresidente) ambos miembros de (ARENA), luego de vencer con una ventaja de más de 270 mil votos a la segunda fórmula presidencial más próxima formada por Facundo Guardado (como presidente) y Nidia Díaz (como vicepresidente) miembros de (FMLN) participando bajo la coalición que tenía por nombre Coalición por el Cambio.
Las elecciones presidenciales se celebran en El Salvador cada cinco años y requieren que un partido político o coalición obtenga al menos mayoría absoluta para ganarlas; esto provoca que exista la posibilidad de celebrar una segunda vuelta electoral si no se llega a ella.
La Constitución de El Salvador establece que los partidos políticos son el único instrumento para el ejercicio de la representación del pueblo dentro del Gobierno (Art.
85), motivo por el cual las papeletas de votación únicamente llevan impresas las banderas de los partidos políticos o los distintivos de las coaliciones legalmente inscritas en el proceso de elección, y por el cual no es compatible la participación de candidatos no partidarios.
Los requisitos para poder ser elegido Presidente o Vicepresidente de la República los establece el artículo 151: Las incompatibilidades con la candidatura a la Presidencia o Vicepresidencia se recogen en el artículo 152: Elecciones para elegir al presidente y vicepresidente de la república[3]