[11] Ante el conflicto, Víctor Viveros llamó al recuento de los votos de la elección, lo cual fue aceptado por el PRD,[12] mientras el coordinador del Frente Amplio Progresista, Porfirio Muñoz Ledo, denunció una "caída del sistema" con intención de modificar los resultados electorales y favorecer al PRI.
[14] Ese mismo día fue denunciado el abandono de los paquetes electorales en la sede del Distrito X en Cancún, donde todos los funcionarios dejaron las oficinas permaneciendo éstas sin vigilancia alguna.
[18] Finalmente las impugnaciones fueron interpuestas ante el Tribunal Electoral de Quintana Roo, siendo estas las siguientes: el PRI impugna la elección en los Distritos II y X y el Ayuntamiento de Benito Juárez, el PAN las elecciones de los ayuntamientos de Lázaro Cárdenas, Othón P. Blanco y José María Morelos, el PANAL el ayuntamiento de José María Morelos y el Distrito XIV y la Coalición Con la Fuerza de la Gente la asignación de una diputación plurinominal al PVEM y el Distrito IV.
[21] En los meses anteriores al proceso electoral, el Instituto Electoral de Quintana Roo (IEQROO), implementó un proceso para la redistribución geográfica de los quince distritos electorales uninominales en los cuales serán electos los diputados al Congreso de Quintana Roo, la cual fue aprobada,[22] sin embargo, la inclusión en ella de las poblaciones situadas en la franja territorial que se encuentra en disputa con el estado de Campeche provocó la impugnación ante el Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación del proceso, el tribunal ordenó al IEQROO rehacer la distritación dejando fuera la franja de población disputada,[23] sin embargo este respondió que no había tiempo para realizar una nueva, ya que el proceso electoral ya se encontraba en marcha y por tanto no lo haría sin hasta una vez terminado el proceso, esto fue considerado como un desacato a la resolución del TEPJF e impugnado por el PAN, PRD, PT y Alternativa[24] y el TEPJF emplazó al cumplimiento de su resolución por el IEQROO en un plazo de 48 horas,[25] lo cual fue finalmente hecho el 11 de octubre, siendo de esta manera desechado el nuevo mapa electoral, las elecciones de 2008 se llevarán a cabo con la distribución de los distritos tal como se encontrabas en las Elecciones de 2005.
[26] Esto fue nuevamente rechazado por los mismos partidos de oposición, por considerar que sigue habiendo un desacato por parte del IEQROO hacia la resolución de TEPJF, ya que los partidos interpretan que lo que manda el tribunal es únicamente quitar la franja limítrofe en disputa de los distritos, y utilizar el resto sin modificación alguna, por lo que nuevamente apelaron ante el tribunal, y éste, el 16 de octubre pidió una explicación al instituto electoral,[27] lo cual fue contestado al día siguiente, argumentado el IEQROO que no puede hacer una nueva redistritación debido a que ya se encuentra en marcha el proceso electoral.