El presidente saliente, George Washington, primer mandatario tras la independencia, rechazó la posibilidad de presentarse a un tercer mandato (aunque constitucionalmente no existía un límite legal ni sería implantado hasta la segunda mitad del siglo XX).
Los federalistas se unieron detrás de Adams y los demócratas-republicanos apoyaron a Jefferson, pero cada partido tenía múltiples candidatos.
Adams fue en última instancia elegido presidente con 71 votos electorales, uno más de lo necesario para resultar electo.
Jefferson quedó muy cerca de Adams, con 68 votos, y resultó elegido vicepresidente.
En general, contando los votos emitidos para cada partido, los federalistas se impusieron estrechamente con un 53.45%, contra un 46.55% de los demócratas-republicanos.
Sin embargo, Hamilton todavía prefería que Adams resultara electo vicepresidente en lugar de Jefferson (el muy probable segundo lugar), por lo que instó a los electores federalistas a emitir un voto por Adams y otro por Pinckey.
Las opciones populares incluyeron al senador Pierce Butler de Carolina del Sur y tres neoyorquinos: el senador Aaron Burr, el canciller Robert R. Livingston y el exgobernador George Clinton (que había perdido la contienda vicepresidencial contra Adams en las anteriores elecciones).
Los demócratas-republicanos buscaron asociar a Adams con las políticas desarrolladas por su copartidario federalista Alexander Hamilton durante la administración de Washington, declarando que eran demasiado favorables para Gran Bretaña y un gobierno nacional centralizado.
En política exterior, los demócratas-republicanos denunciaron a los federalistas por el Tratado de Jay, que había establecido una paz temporal con la antigua potencia colonial.
Ambos votos fueron para presidente; y el subcampeón de la contienda presidencial resultaría elegido vicepresidente.
El candidato demócrata-republicano recibió 68 votos, nueve más que Pinckney, y fue elegido vicepresidente.
Si Pinckney hubiera ganado los segundos votos de todos los electores de Nueva Inglaterra que votaron por Adams, habría sido elegido presidente derrotando tanto a Jefferson como a Adams.
Si bien los datos de votación popular están disponibles para algunos estados, las elecciones presidenciales fueron muy diferentes en los siglos XVIII y principios del XIX.