Bajo la enmienda constitucional, el Presidente de la República es elegido por sufragio universal, directo y secreto, teniendo que recibir más del 50% del voto popular para acceder a la presidencia en primera vuelta o al menos el 20% en todas las provincias de Indonesia.
En estas elecciones, la presidenta incubmente, Megawati Sukarnoputri, elegida indirectamente tras la destitución de Abdurrahman Wahid, se presentó para la reelección.
Fue desafiada por otros cuatro candidatos, entre los que destaca Susilo Bambang Yudhoyono, y el vicepresidente Hamzah Haz.
Ante la mala situación económica de país, provocada en gran medida por la corrupción y la mala gestión de su gobierno, Suharto fue derrocado en 1998, asumiendo un gobierno interino que comenzó la transición a la democracia.
Otros candidatos potenciales eran Akbar Tanjung, líder del DPR, y el Sultán de Yakarta Hamengkubuwono X.
[14] Con esta nominación, los líderes del PKB dieron su apoyo oficial a la fórmula Wiranto-Salahuddin en la elección.
[14] El intelectual musulmán Nurcholish Madjid solicitó públicamente a Muzadi que retirara su candidatura.
[21] El PAN nominó a Amien Rais, presidente de la TPM, como su candidato presidencial.
[10] Amien Rais había servido como el presidente de la organización islámica Muhammadiyah.
Sin embargo, a pesar de liderar la segunda mayor organización islámica en Indonesia, Amien estableció el PAN tras la dimisión del presidente Suharto como un partido que no se basa en la afiliación religiosa.
Se convirtió en una figura influyente en los primeros días del período de reforma y finalmente fue elegido para dirigir el MPR.
[21] El Partido Democrático presentó al general retirado Susilo Bambang Yudhoyono como candidato a la Presidencia, siendo su compañero de fórmula Jusuf Kalla.
Sin embargo, Yudhoyono se negó a hacerlo, lo que facilitó la destitución de Wahid, pero provocó su despido previo al proceso.
[28][29] Inicialmente había buscado la nominación del Golkar, pero retiró su candidatura ante la inminente victoria de Wiranto.
Varios días después, renunció a su cargo en el gabinete y anunció su alianza con Yudhoyono.
[30][31] Anteriormente, también se había considerado a Kalla como un posible compañero de fórmula para Megawati.
[32] Desde el comienzo se preveía una buena cantidad de votos para esta fórmula presidencial, sobre todo debido a las diferencias entre los dos candidatos.
Estuvo acusado de corrupción y nepotismo, pero nunca fue denunciado ni investigado.
[34] Una figura relativamente desconocida en la escena política, Agum Gumelar sirvió como Ministro de Transporte bajo Abdurrahman Wahid y Megawati.
[27] Dimitió al aceptar la propuesta del PPP de ser candidato a vicepresidente.
Yudhoyono no obtuvo tantos votos como prometían las encuestas de opinión y Megawati superó las expectativas.
Wiranto obtuvo el 22%, quedando fuera de la segunda vuelta y denunció los resultados, afirmando que 5.434.660 a su favor habían sido deliberadamente invalidados, aunque el 10 de agosto la Corte Constitucional desestimó sus denuncias y reconoció los resultados declarados por la Comisión electoral.
Fue la primera toma de posesión presidencial en Indonesia a la cual asistieron líderes extranjeros.