Las elecciones presidenciales de Santo Tomé y Príncipe se celebraron el 30 de julio de 2006.
Fradique de Menezes, del Movimiento Democrático de las Fuerzas del Cambio-Partido Liberal, buscó la reelección y debió enfrentarse a Patrice Trovoada, de Acción Democrática Independiente (antiguo partido de De Menezes), quien además era apoyado por el Movimiento para la Liberación de Santo Tomé y Príncipe / Partido Social Demócrata y otros partidos menores, y al candidato independiente Nilo Guimarães.
De Menezes obtuvo una abrumadora victoria con más del 60% de los votos, mientras que Trovoada estuvo cerca del 39% y Guimaraes no superó el 1%.
La participación electoral fue del 64.9% del electorado.
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