Elmer Mejía se formó en las reservas del Club Deportivo Motagua desde su juventud.
En el año 2000, Elmer Mejía debutó profesionalmente con este club.
Salió de este club en el año 2002 y dos años más tarde pasó a formar parte del Real Estelí Fútbol Club de Nicaragua.
En este club es considerado un ídolo ya que ha logrado anotar un total de más de 100 goles con la camisa rojiblanca.
Con el Real Estelí Futbol Club ha logrado conseguir un total de 10 títulos, siendo el jugador que más títulos ha conseguido con este club.