Pogatetz empezó su carrera futbolística en su país, en el FC Kärnten, equipo con el que ganó una Copa de Austria y consiguió el ascenso a la Primera división austriaca.
Con este equipo ganó una Liga (la primera conseguida en la historia del club) y una Copa.
Cuando finalizó su etapa en Rusia fichó por el Middlesbrough, que desembolsó 2 millones y medio de euros para hacerse con sus servicios.
Con el equipo inglés quedó subcampeón de la Copa de la UEFA en su primera temporada, aunque no pudo disputar la final debido a una grave lesión.
En 2010, con el descenso del Boro, Pogatetz emigró a la Bundesliga alemana fichando por el Hannover 96.