Eslovaquia fue parte integrante de Checoslovaquia desde su independencia en 1918, tras la desintegración del Imperio Austro-húngaro, hasta 1939.
La legación española en Praga se mantuvo abierta hasta 1938 cuando, en plena guerra civil española, cesó el último embajador de la República española; por su parte, el gobierno de Franco estableció relaciones con la República Eslovaca[3] a partir de 1940.
Acabada la Segunda Guerra Mundial, Checoslovaquia fue restablecida, pero las diferencias ideológicas entre el régimen de Franco y el gobierno comunista de Praga mantuvieron congeladas las relaciones diplomáticas.
Finalmente, en 1977 España y Checoslovaquia reestablecieron las relaciones diplomáticas a nivel de embajadores.
En 1990 Checoslovaquia se transformó en la República Federativa Checa y Eslovaca.