Nacido en Huesca, España, el 18 de febrero de 1935, Emilio Allué hizo su profesión como salesiano en 1962 y asistió a Don Bosco College en Newton, Nueva Jersey.
en la historia del cristianismo de la Universidad de Fordham en 1981, y más tarde fue vicario parroquial para el ministerio hispano en la Iglesia Mary Help of Christians en Nueva York.
Recibió su consagración episcopal el 17 de septiembre siguiente del cardenal Bernard Francis Law, con el arzobispo Theodore McCarrick y el obispo Robert Banks como co-consensores.
Como auxiliar, Allué fue obispo regional de la Región Pastoral Merrimack y vicario episcopal para el apostolado hispano.
Una acusación involucró sus esfuerzos para expulsar a un estudiante en lugar de enfrentar al presunto abusador.