Al año siguiente, en 1849, él y su hermano Enrico participaron en la formación de la República Romana, y posteriormente, la defendieron, junto con el Batallón de Tiradores de Lombardi, comandado por Luciano Manara.
[2] Como consecuencia de la caída de la República Romana, Emilio Dandolo huyó al exilio, primero en Marsella, y posteriormente en Lugano.
Durante este periodo, Emilio escribió varias obras, como "Viaje a Egipto, el Sudán, Siria y Palestina" (Viaggio in Egitto, nel Sudan, in Siria ed in Palestina) y "Los voluntarios y el Lombard bersaglieri" ("I volontari e i bersaglieri lombardi").
Al regresar a Italia, se unió de inmediato a los preparativos para la reanudación de los ataques contra el Imperio austríaco.
Participó en la Guerra de Crimea, pero debido a que en ese momento era un ciudadano austríaco, fue enviado de regreso a Milán, donde fue sometido a un estricto control policial.