Militó durante 5 temporadas en el Real Club Recreativo de Huelva, club con el que más partidos acumula en Primera División y con el que consiguió un subcampeonato de Copa del Rey y una Liga de Segunda División.
En la temporada 99-00 ficha por el Xerez CD donde permanece tres temporadas en las que vive un ascenso a Segunda División y lucha por otro a Primera División que finalmente no consigue.
[1] Al final, en el mercado invernal de esa temporada, es cedido al Xerez CD,[2] donde consigue ilusionar a la afición que aún recordaba su grandioso paso por el club en su primera etapa.
Sin embargo, Emilio demostró que es un talento del fútbol y no necesitaba correr detrás de la pelota para jugar.
En la temporada 08-09 Emilio vuelve a hacerse con la titularidad en el centro del campo demostrando de nuevo su gran calidad llevando al equipo a los puestos de ascenso.
Lamentablemente a mitad de temporada sufre una lesión que le aparta del equipo durante aproximadamente 1 mes y pierde la titularidad en detrimento de Abel.