El 14 de octubre, anotó su primer gol oficial, fue contra Racing y gracias a su tanto ganaron el partido.
Defensor Sporting finalizó en primer lugar del torneo, esta vez los carboneros quedaron en el segundo puesto.
[1][2] Zeballos finalizó la temporada 2012-13 con 32 partidos jugados los 90 minutos de cada uno, sobre los 33 que Defensor Sporting disputó.
Esa temporada lograron el tercer puesto en la Copa Libertadores 2014,[3] competición en la cual anotó su primer gol internacional el 21 de marzo contra Cruzeiro en Brasil.
A nivel local no convirtió goles, Defensor finalizó el Torneo Apertura en el lugar 12 y el Clausura en novena posición.