Emmanuel Habyarimana es un exmilitar y un político ruandés.
[1] Habyarimana, perteneciente a la etnia Hutu, perteneció a las Fuerzas Armadas Ruandesas en el estado pro-Hutu de Juvénal Habyarimana.
Tras la exitosa conquista de Ruanda por parte del Frente Patriótico Ruandés, se unió a las recién constituidas Fuerzas de Defensa Ruandesas en donde alcanzó el grado de coronel.
Desde este puesto desempeñó un importante papel en las acciones que llevó a cabo Ruanda en la segunda guerra del Congo.
En noviembre de 2002 fue cesado en su puesto del Ministerio de Defensa, al ser considerado demasiado favorable a las tesis hutu.