Emmanuel Quarshie debutó como futbolista profesional en 1977 con el Sekondi Hasaacas FC ghanés con el que ganó la Liga de fútbol de Ghana y dos Supercopa de Ghana.
Tras jugar seis temporadas en el club, Emmanuel se trasladó a Egipto para jugar con el Zamalek SC, con el que quedó primero en la Primera División de Egipto en 1984 y la Liga de Campeones de la CAF en 1984 y 1986.
Ya en 1986 fue traspasado al Muharraq Club, equipo de la Liga Premier de Baréin con el que logró ganar dos Copa del Rey de Baréin y una Liga Premier de Baréin.
Once años más tarde el Sekondi Hasaacas FC, equipo en el que debutó como futbolista, se hizo con los servicios de Emmanuel como nuevo entrenador del club durante una temporada.
Equipo del que era entrenador hasta la fecha de su muerte.