La Presidencia la ostentó José Marimón, el Administrador fue Joaquín Godoy y la Gerencia de la flota se confió a Julián Alonso.
La Empresa Naviera de Cuba realizó un considerable esfuerzo durante la guerra conduciendo a Estados Unidos tabaco, azúcar y otros productos, e igualmente, trayendo artículos de ese país a la isla.
Al terminar el conflicto bélico la Empresa pretendió rectificar los salarios y las tripulaciones se negaron amparados en los organismos laborales.
Esto hacía imposible pensar en nuevas inversiones y en seguir operando con los pequeños buques envejecidos que costaban por nómina $6.00 mensuales por ton.
[8] Su propósito era transferirlos a la ENC en venta a largo plazo con un módico interés, por ser los únicos navieros cubanos con experiencia y haber perdido en la Segunda Guerra Mundial dos de sus mejores unidades, el Santiago de Cuba y el Manzanillo.
En un principio, los “Bahías” se adquirieron para reemplazar a los buques pequeños y conseguir la viabilidad económica de la empresa.
A los problemas derivados de las relaciones laborales se unió la inesperada injerencia del Estado en la gestión de la compañía que pretendía seguir con la flota existente para mantener así el centro laboral que representaba.
Un mero tecnicismo legal impidió que se transfiriese la propiedad de los “Bahías” a la ENC, lo que fue aprovechado por la dirección de la empresa para entregar la reserva monetaria a sus accionistas, amarrando los buques pequeños y suspendiendo las operaciones.