La endogamia resulta en homocigosidad, la cual puede aumentar las posibilidades de que la descendencia sea afectada por rasgos recesivos o deletéreos.
En la cría de ganado, los criadores pueden utilizarla cuando, por ejemplo, intentan establecer un rasgo nuevo y deseable en el ganado, pero se tendrá que vigilar características indeseables en la descendencia, las cuales entonces pueden ser eliminadas a través de la cruza selectiva con líneas más lejanas o Culling.
También suele usarse la endogamia para revelar rasgos recesivos deletéreos, los cuales pueden entonces ser eliminados mediante estrategias de cruza.
La probabilidad de contraer tales desórdenes aumenta cuanto más estrechamente relacionados estén los padres biológicos.
Contrario a la creencia común, la endogamia por sí misma no altera la frecuencia alélica, sino que aumenta la proporción relativa de homocigotos y heterocigotos.
Por lo tanto, aquellos sistemas inmunitarios que son bastante similares pueden ser más vulnerables a enfermedades contagiosas (ver Complejo Mayor de Histocompatibilidad).
Aun así, la depresión endogámica no es un fenómeno temporal porque la eliminación de los alelos recesivos deletéreos nunca serán completa.
La endogamia es un rasgo cultual en ciertos grupos, como los hebreos, la Iglesia Católica se acercó a las costumbres romanas sobre matrimonios, la cabeza del derecho familiar en Roma era el Pontifex maximus, prohibiendo las uniones consanguíneas hasta el 7º grado.