Su hermano, Duarte Pio, Duque de Braganza, es el actual cabeza de la familia real.
Henrique Nuno João Miguel Gabriel Rafael era hijo de Duarte Nuno, Duque de Braganza, pretendiente al extinto trono de Portugal, y María Francisca de Orleans-Braganza.
Su nombre completo es Miguel Gabriel Rafael, nombre de la tradición de la Casa de Braganza que honre a los tres arcángeles de la Iglesia católica.
En 1950, las leyes portuguesas de destierro fueron derogadas y a la familia de Henrique se le permitió regresar a Portugal, lo que hizo junto con sus padres y hermanos mayores en 1952.
[2][3] Henrique era el quinto en la línea de sucesión del trono portugués en el momento de su muerte.