La placa se incuba durante 30 minutos a temperatura ambiente.Después del período de incubación, el ensayo puede ser analizado para distinguir entre los pocillos donde hay aglutinación y donde no la hay.
En algunos casos, el virus está tan diluido inicialmente que nunca se llegan a observar pocillos aglutinados.
Alternativamente, si la concentración relativa del virus es extremadamente alta y los pocillos nunca se transforman en los de apariencia de botón,entonces, al valor del título se le suele asignar la dilución más alta, como por ejemplo 5120.
El HI está estrechamente relacionado con el ensayo HA, pero incluye anticuerpos antivirales a modo de «inhibidores» para interferir en la interacción entre virus y eritrocitos.
Durante la incubación, los anticuerpos se unen a las partículas virales y, si la concentración y la afinidad de unión de los anticuerpos son lo suficientemente altas, efectivamente se impide que las partículas virales causen hemaglutinación.
[5] Ciertos factores inespecíficos en la muestra pueden provocar interferencias y llevar a valores de título incorrectos.
Las enzimas destructoras de receptores (RDE, por sus siglas en inglés) se utilizan comúnmente para tratar las muestras antes del análisis para evitar inhibiciones inespecíficas.
[9] Además, no existe un registro digital de las determinaciones de la placa o del título, por lo que la interpretación inicial es tediosa y se suelen tener que realizar repeticiones.