Era el mayor de los hijos varones del Príncipe Augusto de Anhalt-Plötzkau, con su esposa Sibila, hija del Conde Juan Jorge de Solms-Laubach.
Gottlieb nació y murió en Plötzkau.
En 1653, después de la muerte de su padre, Ernesto Gottlieb heredó Plötzkau conjuntamente con sus hermanos menores Lebrecht y Emmanuel; pero por causa que estgos sucedieron a su padre en la regencia sobre Anhalt-Köthen en nombre de su primo Guillermo Luis, Ernesto Gottlieb tomó completo control sobre el gobierno de su principado.
Su reinado duró solo siete meses hasta su muerte.
Debido a que nunca contrajo matrimonio ni tenía hijos, fue sucedido por sus hermanos y cogobernantes