Su padre falleció cuando Ernst Röthlisberger contaba solo con 11 años de edad.
Sin embargo, la contratación que había hecho el presidente de la época Rafael Nuñez, de corte conservador, del profesor Röthlisberger, de un marcado pensamiento positivista y liberal; causó gran controversia al interior del Partido Conservador Colombiano, pues Marco Fidel Suárez lo atacaba al escuchar sus conferencias sobre darwinismo y Miguel Antonio Caro se queja de "que se le pagaran cosa de $400 mensuales, amén de viáticos, por charrupar mal tejidas teorías".
Röthlisberger embarcó en Puerto Colombia, después de pernoctar en Barranquilla, con destino a Colón, puerto que aun era colombiano y que hoy en día pertenece a Panamá.
Allí decide visitar las obras del Canal de Panamá.
[6] Al regresar a su patria, se radicó inicialmente al borde del lago de Thun, en donde había nacido su abuelo Peter Röthlisberger Bachmann (1775-1864).
[6][8] Ernst Röthlisberger fue reconocido como un académico destacado y, además, por su trabajo en la Oficina Internacional de la propiedad industrial.