Después de su proceso de formación como carpintero, viajó como oficial por Alemania, Austria, Hungría, Italia y Suiza, antes de establecerse en Núremberg.
En 1906, se convirtió en miembro del sindicato de trabajadores maderero, y después en secretario del sindicato.
Fue miembro del parlamento bávaro entre 1912 y 1920, en 1918 se convirtió en líder del mando general del III Cuerpo Real Bávaro, y sucedió a Richard Scheid (USPD) en 1919, quien fue solo por unas pocas semanas ministro de asuntos militares (ministro de guerra).
En 1933 el instituto óptico fue confiscado por los nazis, y Schneppenhorst encarcelado principalmente en 1937.
En la noche del 23-24 de abril de 1945 Ernst Schneppenhorst, en compañía de Albrecht Theodor Andreas von Bernstorff y Karl Ludwig Freiherr von und zu Guttenberg, salió y fue asesinado por un comando del Reichssicherheitshauptamt.