El sello oficial de la Ciudad de San Diego fue adoptado por el Concejo Municipal el 14 de abril de 1914 y sustituyó el diseño que había estado en uso desde el 5 de enero de 1888.
En 1997, se le agregó una barra azul detrás del sello y en el arco las palabras de "The City of San Diego" (o en español La Ciudad de San Diego) para poderla identificar.