El escudo fue concedido como parte del otorgamiento del rango de Ciudad de Panamá.
Debido a la destrucción de la ciudad en 1671 se pierde el diseño original del escudo y durante un largo se publican varias versiones hasta que después de una investigación histórica-jurídica se publica una versión que es consideraba la versión más acorde a la descripción original.
[1][2] El rey Carlos I de España, por medio de la Real Cédula de Burgos, del 15 de septiembre de 1521, concedió el título de Ciudad a Panamá, por lo que también se le concede un escudo que sirva para la representación de la misma ante las autoridades españolas.
[1] Por lo se aprueba un diseño que la Real Cédula lo describía de la siguiente manera: Debido a que la ciudad fue asediada y destruida en el año 1671 gracias al ataque del pirata inglés Henry Morgan, se perdió el diseño original del escudo y desde ese entonces se empezaron a usar varias versiones que trataban de ir acorde a la descripción original, fallando varias veces en el intento.
[2] Sin embargo, a pesar de esto, aún seguía la confusión sobre la versión más acorde a la descripción original, hasta el año 1992, cuando el Concejo Municipal adopta la resolución n.º 66 que inicia una investigación histórica-jurídica para lograr establecer un escudo que vaya de acuerdo a la descripción original, siendo después publicada una versión que es la que actualmente el concejo municipal usa y que es la versión más acorde a la descripción original.