El primer antecedente de su fundación fue la Escuela Náutica que funcionó desde 1831 primero adscrita a la Universidad de Cartagena y posteriormente a la Universidad del Magdalena.
En 1963 se aprueba el otorgamiento del título profesional de Ingeniero Naval, ratificado al año siguiente por el Ministerio de Educación Nacional.
La Escuela Naval es reconocida como universidad mediante la resolución 11893 de 1977.
Adicionalmente deben desarrollar otra carrera profesional en paralelo entre las que se incluye Administración, Administración marítima, Oceanografía física, Ingeniería Naval e Ingeniería Electrónica.
[7] La Escuela Naval de Cadetes "Almirante Padilla" oferta además una variedad de estudios de posgrado a nivel de especialización y de maestría para la comunidad en general, entre ellos se destacan la Maestría en Gestión Logística, Maestría en Ingeniería Naval y la Maestría en Oceanografía Física como programas propios, a la vez que se tienen programas con otras Universidades en modalidad de convenio como son la Maestría en Ingeniería Electrónica con la Universidad del Cauca, las especializaciones en Gestión Humana y Gerencia de Proyectos con la Universidad EAN y programas de extensión con la Universidad Marítima Mundial (World Maritime University - WMU).