Constituía la cabecera del nunca acabado ferrocarril Santander-Mediterráneo.
Coexistía con la estación de Calatayud-Jalón, la cual se encontraba situada justo al lado y pertenecía a la compañía MZA.
En 1941, con la nacionalización del ferrocarril de ancho ibérico y la creación de RENFE, las instalaciones ferroviarias pasaron a ser gestionadas por esta.
El ferrocarril Santander-Mediterráneo nunca fue finalizado y sería clausurado en 1985.
En la actualidad la estación del Santander-Mediterráneo se encuentra desaparecida.