La estación de Flawil fue inaugurada en el año 1855 con la puesta en servicio del tramo Wil - Flawil de la línea Wil - San Galo.
En 1856 se completó la línea hasta San Galo.
El edificio actual es de nueva construcción.
Se encuentra ubicada en el borde noreste del núcleo urbano de Flawil, cuenta con un único andén central y dos vías pasantes, aunque en la parte noroeste de la estación existe un haz de vías que eleva a cuatro el número de estas.
Hasta la estación llegan un par de líneas de la red de cercanías S-Bahn San Galo: La red de cercanías S-Bahn San Galo será ampliada en el año 2013.