Margrethen fue inaugurada en 1858 con la apertura del tramo Rheineck - Sargans de la línea férrea Rorschach - Sargans por parte del Vereinigte Schweizerbahnen (VSB).
En 1872 se inauguró por parte del Vorarlbergbahn el ramal que une a St.
La estación se encuentra ubicada en el noreste del núcleo urbano de Sankt Margrethen.
Cuenta con dos andenes, uno central y otro lateral a los que acceden tres vías pasantes, a las que hay que añadir varias vías toperas y vías de servicio.
En términos ferroviarios, la estación se sitúa en la línea Rorschach - Sargans y en el ramal .