En el caso de la segunda línea, cabe destacar que el kilometraje se corresponde con el trazado histórico del ferrocarril Utiel-Valencia, por lo que en Utiel se reinicia el kilometraje.
Ambos tramos son de vía única y están sin electrificar.
La estación de Valencia-San Isidro está ubicada en el talud donde discurrían las vías del tren hacia Valencia a una altitud de unos 8 metros sobre el nivel del mar.
En dicho talud se encuentran amarrados los anclajes sobre los que reposan los andenes de las vías 1 y 2, que están formados por vigas de hormigón armado ubicadas perpendicularmente sobre los anclajes anteriormente nombrados.
Efectúan parada en las inmediaciones de la estación la línea 72 que une San Isidro con la plaza del Ayuntamiento.