La estación se inauguró en 1841 para dar servicio a la L&BR y fue reconstruida en 1854 cuando la LTSR, una empresa conjunta entre la L&BR y la Eastern Counties Railway (ECR), comenzó a funcionar.
La ECR también operaba trenes desde Fenchurch Street para aliviar la congestión en su otra terminal de Londres en Bishopsgate.
En 1862 se creó la compañía Great Eastern Railway, que fusionó varias compañías ferroviarias que operaban en Anglia Oriental (incluida la ECR) y compartió la estación con el LTSR hasta 1912, año en que fue adquirida por la Midland Railway.
La estación pasó a ser propiedad de la London & North Eastern Railway (LNER) tras la Ley de Ferrocarriles de 1921, y fue compartida por LNER y London Midland & Scottish Railway (LMS) hasta su nacionalización en 1948.
La línea de la estación fue electrificada en 1961, y se cerró durante siete semanas en 1994.