Este procedimiento se complica por la presencia ubicua de enzimas ribonucleasas en las células y los tejidos, que pueden degradar rápidamente el ARN.
Algunas ARNasas pueden ser extremadamente resistentes y su inactivación es difícil en comparación con la neutralización de las ADNasas.
Por ejemplo, las ARNasas inmunes actúan desestabilizando las membranas celulares de las bacterias.
[10][11] Para contrarrestar esto, el equipo utilizado para la extracción de ARN suele limpiarse a fondo, se mantiene separado del equipo común de laboratorio y se trata con diversos productos químicos agresivos que destruyen las ARNasas.
Por la misma razón, los experimentadores tienen especial cuidado de no dejar que su piel desnuda toque el equipo.