Como otro de los regionalistas, Curros Enríquez, empezó a aproximarse al presbiterianismo.
Convertido ya al protestantismo, en sus últimos años se inscribió en la Iglesia Evangélica de Madrid para formarse como pastor.
Marchó como misionero a la archidiócesis de Toledo en 1870 y allí, en el pueblo de Camuñas, con ayuda de su alcalde republicano federal, Luis Villaseñor, permanecerá varios años logrando convertir a noventa familias, éxito extraordinario, puesto que el culto protestante perdura hasta la actualidad.
Jorge Fliedner describe a Félix Moreno "como hombre bajito pero muy activo" que quiso llevar el evangelio a los pueblos limítrofes.
Sin embargo su éxito no pudo repetirse, porque murió prematuramente; están por recogerse sus interesantes artículos de prensa.