En 1966 se fusionaron con el Balaklava de Sevastopol y cambiaron su nombre por el de Chayka Sevastopol, terminando ese año en 4º lugar, pero no entró a la competición profesional al año siguiente.
En la primera temporada del fútbol en Ucrania jugaron en la Persha Liha en el primer subgrupo, donde lamentablemente quedó en 13.eɽ lugar y descendieron a la Segunda Liga de Ucrania.
En el año 1997 retornaron a la competición bajo el nombre Chornomorets Sevastopol y participaron en el primer torneo amateur de Ucrania, el cual brindaba el ascenso a la Segunda Liga B.
En el 2001 participaron con su nombre más reciente y participaron en la Segunda Liga de Ucrania pero terminaron en el puesto 18 y perdieron su estatus como equipo profesional, desapareciendo al año siguiente.
En el año 2002 surge el FC Sevastopol, el cual es considerado el sucesor del club desaparecido de la ciudad.