Durante el gobierno radical de Arturo Illia (1963–1966), la FOTIA organizó una gran movilziación contra los patrones que adeudaban una zafra completa.
El movimiento fue severamente reprimido causando varios muertos, y el gobierno encarceló a su secretario general, Atilio Santillán aplicando el Plan Conintes, que permitía "militarizar" los conflictos sociales.
Ya en democracia, la FOTIA protagonizó una huelga deteniendo la zafra en plena molienda en septiembre de 1974.
El comandante Acdel Vilas estableció como objetivo principal la represión en el ámbito gremial, y dentro de este a la FOTIA.
Actualmente FOTIA se encuentra a cargo del secretario general Roberto Arnaldo Palina, secretario general adjunto Andrés Ceferino Galván (actual legislador por el PT)y el apoderado, y asesor legal Ricardo Alfredo Veliz.